commit

data/evtlists/tm7.txt

@@ -1,6 +1,6 @@
-#/srg/work/krivonos/erosita/work/events/cef_43122_7_P003_00.fits.gz
+/srg/work/krivonos/erosita/work/events/cef_43122_7_P003_00.fits.gz
-#/srg/work/krivonos/erosita/work/events/cef_43123_7_P003_00.fits.gz
+/srg/work/krivonos/erosita/work/events/cef_43123_7_P003_00.fits.gz
-#/srg/work/krivonos/erosita/work/events/cef_43127_7_P003_00.fits.gz
+/srg/work/krivonos/erosita/work/events/cef_43127_7_P003_00.fits.gz
 /srg/work/krivonos/erosita/work/events/cef_43129_7_P003_00.fits.gz
 /srg/work/krivonos/erosita/work/events/cef_43133_7_P003_00.fits.gz
 /srg/work/krivonos/erosita/work/events/cef_43134_7_P003_00.fits.gz

scripts/01_init_events.py

@@ -21,6 +21,12 @@ print("UDS root path: {}".format(root_path))
 el=root_path+'/data/evtlists/'
 pr=root_path+'/data/processed/'
 
+
+region="box({},{},4d,4d,0)".format(ra_cen,de_cen)
+""" Selection region """
+
+
+"""
 # TM1
 do_evtool_esass(evlist=el+'tm1.txt', outfile=pr+'tm1_obs_1.fits',  gti='621296896. 621304128.')
 
@@ -44,9 +50,9 @@ do_badpix_tm6(filename=pr+'tm6_obs_2.fits')
 
 do_evtool_esass(evlist=el+'tm6.txt', outfile=pr+'tm6_obs_3.fits',  gti='620676992. 620690368.')
 do_badpix_tm6(filename=pr+'tm6_obs_3.fits')
-
+"""
 # TM7
-do_evtool_esass(evlist=el+'tm7.txt', outfile=pr+'tm7_obs_1.fits',  gti='621043136. 621052416.')
+do_evtool_esass(evlist=el+'tm7.txt', outfile=pr+'tm7_obs_1.fits',  gti='621043136. 621052416.', emin=0.2, emax=10.0, region=region)
-do_evtool_esass(evlist=el+'tm7.txt', outfile=pr+'tm7_obs_1.fits',  gti='621110272. 621117952.')
+#do_evtool_esass(evlist=el+'tm7.txt', outfile=pr+'tm7_obs_2.fits',  gti='621110272. 621117952.', region=region)
 
 

scripts/02_merge_events.py

@@ -35,16 +35,17 @@ for tmkey in keylist_tm.keys():
     for datakey in keylist_tm[tmkey]:
         print("--> {}".format(datakey))
         """ Подготавливаем списки событий индивидуальных наблюдений """
-        events.append(init_events(key=datakey, eband_index=eband[index],
+        outfile_evtool,outfile_expmap=init_events(key=datakey, eband_index=eband[index],
-                                  infile_dir=infile_dir,
+                                                  infile_dir=infile_dir,
-                                  outfile_dir=outfile_dir,
+                                                  outfile_dir=outfile_dir,
-                                  do_obsmode=True,
+                                                  do_obsmode=True,
-                                  do_center=True,
+                                                  do_center=True,
-                                  do_evtool=True,
+                                                  do_evtool=True,
-                                  do_expmap=False,
+                                                  do_expmap=True,
-                                  ra_cen=ra_cen, de_cen=de_cen,
+                                                  ra_cen=ra_cen, de_cen=de_cen,
-                                  emin_kev=emin_kev[index],
+                                                  emin_kev=emin_kev[index],
-                                  emax_kev=emax_kev[index]))
+                                                  emax_kev=emax_kev[index])
+        events.append(outfile_evtool)
         
 """ Собираем общий список событий """    
 outfile_evtool="{}_EventList_en{}.fits".format(os.path.join(outfile_dir,outkey), eband[index])

scripts/03_init_obs.py

@@ -0,0 +1,78 @@
+#!/usr/bin/env python
+"""Создает объедененный список событий и помещает его в uds/products
+
+Этот список событий нужен, в основном для извлечения спектров с помощью srctool
+"""
+
+from astropy.wcs import WCS
+from astropy.io import fits
+import sys, os, os.path, time, subprocess
+from pathlib import Path
+import numpy as np
+import glob
+from os.path import dirname
+import inspect
+import uds
+
+from uds.utils import *
+from uds.config import *
+
+
+""" find UDS root dir """
+root_path=dirname(dirname(dirname(inspect.getfile(uds))))
+print("UDS root path: {}".format(root_path))
+
+infile_dir=root_path+'/data/processed'
+outfile_dir=root_path+'/products'
+create_folder(outfile_dir)
+
+do_init=True
+do_ermask=False
+eband_selected=[0]
+        
+    
+def runme(datakey):
+    """ runs datakey over energy bands """
+    events=[]
+    expmaps=[]
+    
+    for ii in range(len(eband_selected)):
+        index=eband_selected[ii]
+        print("\t>>> Energy band en{} -- {}-{} keV".format(eband[index],emin_kev[index],emax_kev[index]))
+        outfile_evtool, outfile_expmap = init_events(key=datakey, eband_index=eband[index],
+                                                     infile_dir=infile_dir,
+                                                     outfile_dir=outfile_dir,
+                                                     do_init=do_init,
+                                                     do_obsmode=False,
+                                                     do_center=True,
+                                                     do_evtool=True,
+                                                     do_expmap=False,
+                                                     ra_cen=ra_cen, de_cen=de_cen,
+                                                     emin_kev=emin_kev[index],
+                                                     emax_kev=emax_kev[index])
+    events.append(outfile_evtool)
+    expmaps.append(outfile_expmap)
+
+    detmask="{}_DetectionMask{}".format(os.path.join(outfile_dir,datakey), outfile_post)
+    if(do_ermask==True):
+        cmd=["ermask",
+             "expimage=%s" %(expmaps[0]), # use the first exposure maps calculated for that skyfield, independent of the energy band
+             "detmask=%s" %(detmask),
+             "threshold1=0.01",
+             "threshold2=10.0",
+             "regionfile_flag=no"
+             ]
+        remove_file(detmask)
+        print((" ").join(cmd))
+        os.system((" ").join(cmd))
+
+
+runme("tm7_obs_1")
+"""
+for tmkey in keylist_tm.keys():
+    print("TM{} in work... init events".format(tmkey))
+    for datakey in keylist_tm[tmkey]:
+        print("--> {}".format(datakey))
+        runme(datakey)
+        
+"""

scripts/README.md

@@ -7,6 +7,6 @@
 
 Создает объедененный список событий и помещает его в ```uds/products```. Этот список событий нужен, в основном для извлечения спектров с помощью ```srctool```.
 
-Попутно этот скрипт унифицирует оригинальные списки событий для последующей обработки. А именно, корректируются слова OBS_MODE=POINING/SURVEY в зависимости от типа наблюдения и производится центрирование на одни и те же координаты.
+Попутно этот скрипт унифицирует оригинальные списки событий для последующей обработки. А именно, корректируются слова OBS_MODE=POINING/SURVEY в зависимости от типа наблюдения и производится центрирование на одни и те же координаты с помощью команды ```radec2xy```.
 
 

uds/uds/utils.py

@@ -31,7 +31,7 @@ def remove_file(filename):
     if(os.path.isfile(filename)==True):
         os.remove(filename)            
 
-def do_evtool_esass(events=None,outfile=None,evlist=None,gti=None):
+def do_evtool_esass(events=None,outfile=None,evlist=None,gti=None,region=None,emin=None,emax=None):
 
     eventfiles=None
     if(events):
@@ -42,11 +42,14 @@ def do_evtool_esass(events=None,outfile=None,evlist=None,gti=None):
     if not (eventfiles):
         print("ERROR: Event files not provided")
 
+    emin="emin={}".format(emin) if(emin) else ''
+    emax="emax={}".format(emax) if(emax) else ''
     gti="gti=\'{}\'".format(gti) if(gti) else ''
+    region="region=\'{}\'".format(region) if(region) else ''
 
     cmd=["evtool",
          eventfiles,
-         gti,
+         gti,region,emin,emax,
         "outfile={}".format(outfile),
         "image=yes",
         "flag=0x2000",
@@ -119,7 +122,7 @@ def do_badpix_tm6(filename):
     f.close()
 
 def init_events(key=None, eband_selected=[0], eband_index=None,
-                ra_cen=None, de_cen=None,
+                ra_cen=None, de_cen=None,do_init=True,
                 emin_kev=None, emax_kev=None, infile_dir=None, outfile_dir=None,
                 do_obsmode=False,do_center=False,do_evtool=False,do_expmap=False):
     expmaps=[]
@@ -146,7 +149,7 @@ def init_events(key=None, eband_selected=[0], eband_index=None,
     
     infile="{}/{}.fits".format(infile_dir,key)
         
-    if(do_obsmode==True):
+    if(do_obsmode==True and do_init==True):
         """ correct OBS_MODE in files """
             
         lockfile="{}/{}.obsmode.lock".format(infile_dir,key)
@@ -164,7 +167,7 @@ def init_events(key=None, eband_selected=[0], eband_index=None,
             print("Lock file {} is found, skipping OBS_MODE correction.".format(lockfile))
             pass
 
-    if(do_center==True):
+    if(do_center==True and do_init==True):
         """ re-center original events files """
         if not (ra_cen and de_cen):
             print("Please provide center coordinates")
@@ -198,7 +201,7 @@ def init_events(key=None, eband_selected=[0], eband_index=None,
          "pattern=15"
         ]
     # run the command
-    if(do_evtool==True):
+    if(do_evtool==True and do_init==True):
         #log = subprocess.check_call(cmd)
         print((" ").join(cmd))
         test_exe('evtool')
@@ -215,7 +218,7 @@ def init_events(key=None, eband_selected=[0], eband_index=None,
 
 
     outfile_expmap="{}_ExposureMap_en{}{}".format(os.path.join(outfile_dir,key), eband_index, outfile_post)
-    if(do_expmap==True):
+    if(do_expmap==True and do_init==True):
         cmd=["expmap",
              "inputdatasets=%s" %(outfile_evtool),
              "emin=%s" %(emin_kev),
@@ -230,7 +233,7 @@ def init_events(key=None, eband_selected=[0], eband_index=None,
         test_exe('expmap')
         os.system((" ").join(cmd))
 
-    return outfile_evtool
+    return outfile_evtool,outfile_expmap
 
 
 def test_exe(program):